Klub je osnovan na osnivačkoj skupštini 16.11.2000., a registriran je kao športska udruga 06.12.2000. Od 2000. – 2003. predsjednik je bio prof. dr. sc. Dragan Milanović, a od 2003. predsjednik je Ivan Lončarević, dok je Štefica Mihalic dopredsjednica kluba.
KKK Matija Ljubek je vrlo mlad klub, ali svake godine ima sve više i više članova kao i bolji rezultata. Neki od njih su: 2001. je bilo njihovo prvo državno prvenstvo gdje su juniori ostvarili titulu prvaka države. 2002. seniori su postali viceprvaci države kao i 2003. Dok su 2004. seniori državni prvaci, a 2005. opet postaju viceprvaci države. 2004. i 2005. postali su prvaci u kajaku prve hrvatske seniorske lige.
Mlađi sin Matije Ljubeka, Nikica Ljubek, krenuvši očevim stopama postao je članom Kajak i kanu kluba Matija Ljubek. Neki od njegovih najboljih rezultata: 1997. u disciplini C-2 na 1000 m s Emanuelom Horvatičekom osvaja drugo mjesto na Svjetskom juniorskom prvenstvu, 1998. u disciplini C-2 na 500 m s Draženom Funtakom, bivšim članom KKK Matija Ljubek, osvaja četvrto mjesto na Svjetskom seniorskom prvenstvu, a 2000. sudjeluje na OI u Sydney-u.